Đến đầu tháng 6-2013, khi tình hình khai thác cát trên sông Hậu có nguy cơ gây ảnh hưởng đến chân cầu Cần Thơ thì Thường trực Thành ủy Cần Thơ đã chỉ đạo Công an Cần Thơ và các cơ quan chức năng Cần Thơ kiểm tra các phương tiện khai thác cát trên sông Hậu và phát hiện 6 phương tiện khai thác cát không phép trên địa bàn sông Hậu, nơi giáp ranh 2 tỉnh Vĩnh Long và Cần Thơ. Qua kiểm tra hành chính, có 3 phương tiện có phép nhưng vi phạm hành chính là sà lan ST 05868 của Công ty TNHH xây dựng Thành Lâm; số AG: 04848 do ông Nguyễn Văn Út làm chủ và số HG – 4847 do Công ty TNHH Đăng Quang đã bị xử lý phạt hành chính.

Bên cạnh đó, có 3 sà lan khai thác cát không phép là CT-04969 của Công ty TNHH Ba Hoàng; VL – 11808 thuộc Công ty TNHH một thành viên Nam Vinh Mêkông và AG - 10385 của Công ty TNHH xây dựng dịch vụ thương mại Hải Toàn. Những doanh nghiệp này xuất trình giấy phép khai thác cát đã hết hạn, giấy biên nhận hồ sơ gia hạn khai thác cát do Sở TN&MT tỉnh Vĩnh Long cấp. Một điều rất lạ là dù 3 giấy phép do Sở TN&MT Vĩnh Long cấp đã hết hạn nhưng Sở TN&MT Vĩnh Long lại không tạm ngưng mà cứ để cho các phương tiện tiếp tục khai thác tài nguyên như chốn không người (?)

Để có cơ sở xử lý các phương tiện vi phạm, ngày 5-6-2013, Công an thành phố Cần Thơ có công văn số 531/CATP-PV11 gửi UBND tỉnh Vĩnh Long "đề nghị hỗ trợ xác minh làm rõ các trường hợp vi phạm khai thác cát trên sông Hậu”. Thế nhưng Công an Cần Thơ không nhận được phản hồi. Ngày 11-6, Công an Cần Thơ tiếp tục cử cán bộ Phòng Cảnh sát đường thủy - Công an Cần Thơ mang công văn trực tiếp đến UBND tỉnh Vĩnh Long, được cán bộ văn phòng UBND tỉnh Vĩnh Long là Nguyễn Anh Huy ký nhận. Nhưng phải đến 16 ngày sau, ngày 27-6-2013, UBND tỉnh Vĩnh Long mới có công văn trả lời nhưng nội dung hết sức chung chung, không thể hiện quan điểm về việc xử lý của Sở TN-MT Vĩnh Long đối với các giấy phép đã hết hạn khai thác khoáng sản.

Theo cơ quan điều tra, Sở TN&MT tỉnh Vĩnh Long xác nhận những doanh nghiệp này vẫn có hồ sơ gia hạn khai thác cát trong khi đó Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Long có công văn chỉ đạo tạm ngừng tổ chức cấp phép mới hoặc giấy phép cát đã hết hạn chờ chủ trương của tỉnh (trừ việc khai thác cát phục vụ những công trình bức xúc trên địa bàn tỉnh). Ấy vậy mà Phó giám đốc Sở TN&MT Vĩnh Long vẫn vận dụng những khoản hở của điểm b, khoản 2, Điều 60 Luật khoáng sản để trích dẫn, bao biện cho doanh nghiệp được phép khai thác cát tận thu trong thời gian hết hạn giấy phép hoạt động là 45 ngày. Tuy nhiên, thời gian xin gia hạn của 3 doanh nghiệp trên đã nộp hồ sơ gia hạn tại Sở TN&MT đã hơn từ 7 đến 9 tháng. Do đó, không thể dựa vào lý do được phép khai thác cát tận thu trong thời gian chờ cấp phép.

Công an Cần Thơ đã chỉ ra việc Sở TN&MT tỉnh Vĩnh Long đã cố tình làm trái với chỉ đạo của UBND tỉnh này.